ورود به حساب کاربری

نام کاربری *
رمز عبور *
یاداوری

روش نصب Gromacs

امتیاز کاربران

ستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعال
 

Gromacs

گرومکس ماشین گرونینگن برای شبیه‌سازی‌های شیمیایی (Groningen Machine for Chemical Simulations)

گرومکس یک مجموعه دینامیک مولکولی است که عمدتاً برای شبیه‌سازی پروتئین‌ها، چربی‌ها و اسیدهای نوکلئیک طراحی شده است. در ابتدا در گروه شیمی فیزیک دانشگاه گرونینگن پایه‌گذاری شد و در حال حاضر توسط همکاران در دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی سراسر جهان در حال توسعه است. گرومکس یکی از سریع‌ترین و محبوب‌ترین بسته‌های نرم‌افزاری موجود است. این نرم‌افزار می‌تواند روی واحد پردازش مرکزی (CPU) و واحد پردازش گرافیکی (GPU)اجرا شود. گرومکس یک نرم‌افزار متن باز رایگان است که تحت مجوز عمومی همگانی گنو (GPL) منتشر شده است و شروع آن با نسخه ۴٫۶ تحت مجوز کمتر فراگیر همگانی گنو (LGPL)بوده است.

 

 

 

نصب Gromacs بر روی لینوکس

 

آخرین نسخه کامپایلر C و C ++  خود را دریافت کنید.

yum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel

 

بررسی نمایید که نسخه CMake ورژن 2.8.8 یا بالاتر را داشته باشید.

cmake --version

 

 

آخرین نسخه tar از نرم افزار GROMACS را دانلود کرده و اکسترکت نمایید.

tar xfz gromacs-5.1.tar.gz

 

وارد پوشه gromacs-5.1 شده و دستور cmake را نصب کنید :

cd gromacs-5.1

yum install cmake

 

یک پوشه جدید به نام build ایجاد کرده و وارد آن شوید :

mkdir build

cd build

 

اجرای cmake با مسیر به منبع به عنوان یک آرگومان (نیاز به vpn، زیرا سایت gromacs فیلتر شده است)

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

 

 

make را اجرا کرده، چک کنید و سپس نصب نمایید :

Make

make check

sudo make install

 

اجرای اسکریپت GMXRC برای دسترسی به GROMACS

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

 

نکته  : در صورت مواجه شدن با این باگ  https://redmine.gromacs.org/issues/2117 ، فولدر  share/top/oplsaa.ff را از ورژن 2016 با فولدر موجود جایگزین کنید.

 

 

 

 

شرکت دانش بنیان رایانش سریع هزاره ایرانیان به منظور ارائه راهکارهای رایانش سریع، تحلیل داده، بیگ دیتا و کلان داده به سازمانها و شرکتهای عصر دیجیتال تشکیل شده است. خدماتی از جمله طراحی راهکارهای بیگ دیتا، راه اندازی دریاچه داده و انباره داده، ساخت کاتالوگ داده، تحلیل داده و یادگیری ماشینی و ... از جمله فعالیتهای این شرکت می باشد.

 

 

آخرین مقالات

کامپایل و نصب mfix-2016.1

درک عملکرد دستگاه های انرژی، محیط زیست و فرایندها...

معرفی کامل صف پیشرفته کاف...

آپاچی کافکا نیز پلت فرم متن باز به منظور پردازش جر...

روندهای معماری داده در سا...

هدف اصلی از پیاده‌سازی معماری داده، استانداردسازی...

کامپیوترهای کوانتومی: انف...

کامپیوترهای کوانتومی انفجاری در سرعت محاسبات ایجا...

رایانش مرزی یا EDGE COMPU...

در این مقاله تصمیم داریم با مفهومی به نام رایانش...

پردازش سریع تصاویر دریافت...

پردازش سریع تصاویر دریافت از راه دور (RS) در بسیار...

امنیت در مجازی سازی و رای...

مجازی سازی و رایانش ابری در رایانش ابری کامپوننت...

الگوریتم‌‌های پیش‌بین و ک...

استفاده از الگوریتم‌های پیش‌بین و هوش مصنوعی به د...

استفاده از سیستم چند عامل...

رایانش ابری یکی از راه حل های فشرده توسعه یافته بر...

۶ مهارت پر تقاضای بازار د...

متخصص دانش ابری (Cloud professional) یکی از عناوی...

جریان موازی بین منابع HPC...

چکیده انجام تجزیه و تحلیل یا تولید تصویری همزمان ب...

پردازش داده‌های جریانی در...

با ظهور وب ۲٫۰ و اینترنت اشیا، ردگیری همه نوع اطلا...

معرفی روش ها و ارائه پیشن...

چكیده محاسبات ابری یک فنآوری جدید نیست؛ بلکه روشی...

آیا فرآیند دموکراتیزه شدن...

ما وسط یک تحول تکنولوژیکی هستیم که شیوه سازماندهی...

کارکرد نظارتی و مدیریتی م...

محاسبات ابری و اینترنت اشیا به عنوان دو مبحث داغ د...

پیوند کلان داده با هوش مص...

سیستم‌های نرم‌افزاری تجاری همچون سرویس‌های ERP و...

محاسبات ابری قدرت رقابتی...

آیا فناوری دیجیتال، یک نیروی دموکراتیزه کننده است...

معماري لامبدا در مقابل مع...

معماري لامبدا تولید بی وقفه داده ها در دنیاي امروز...

زبان برنامه‌نویسی Milk سر...

زبان برنامه‌نویسی Milk که توسط دانشگاه MIT توسعه...

بیگ دیتا ، یادگیری ماشین...

سازمان‌ها گاهی اوقات به سختی تلاش می‌کنند تا با دس...

محاسبات مه چه هستند و چه...

در ابتدا همه چیز «ابر» بود، ولی حالا کلمه جدید «مه...

توسعه هوش مصنوعی مبتنی بر...

به گزارش ایسنا و به نقل از انگجت، پژوهشگران "ام.آی...

نگاهی به کاربردهای رایانش...

رایانش ابری مبحثی است که این روزها زیاد به آن پرد...

نرم افزار شبیه سازی، آنال...

دانلود CST Studio Suite: ارائه راه حل های محاسبات...

دانلود Siemens Star CCM+...

نرم افزار Star CCM یک ابزار شبیه سازی قدرتمند است...

ورود بیگ دیتا به صنعت دار...

تکنولوژی در حال ورود به صنعت داروسازی است و پیش‌بی...

چهارمین جلسه meetup: اصلا...

مهاجمان اغلب با استفاده از اشتباهات کدنویسی کوچک و...

مدیریت خصوصیات صف در کلاس...

 لیست زیر ,ویژگی های صف را نمایش می دهد : acl_grou...

AMD از رویکرد طراحی تازه‌...

AMD چند روز پیش به‌صورت رسمی از رویکرد طراحی جدیدی...

دومین جلسه meet up:مقدمه...

فهرست : توضیح مختصر از توسعه ی کلودسیم نصب کلودسیم...

گالری تصاویر

hacklink al duşakabin fiyatları fethiye escort bayan escort - vip elit escort dizi film izle erotik film izle duşakabin hack forum marsbahis betkom marsbahisgirtr -