ورود به حساب کاربری

نام کاربری *
رمز عبور *
یاداوری

نرم افزار مدل سازی مولکولی Jmol

امتیاز کاربران

ستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعالستاره غیر فعال
 

نرم افزار جی‌مول (Jmol) نرم‌افزاری متن‌باز و نوشته شده با زبان جاوا برای نمایش ساختار سه‌بعدی مولکول‌های شیمیایی است که نیازی به تقویت کننده‌های سه‌بعدی برای کامپیوترهای شخصی ندارد. نرم افزار جی‌مول ساختار فیزیکی مولکول‌ها را به حالت سه‌بعدی و قابل درک تبدیل می‌کند که در آموزش، مطالعات و تحقیقات علمی و حتی خطرناک همچون آزمایش‌های شیمیایی کاربردی وسیع دارد.

این نرم‌افزار که با زبان برنامه‌نویسی جاوا نوشته شده در سیستم عامل‌های ویندوز، مکینتاش اواس، لینوکس و یونیکس قابل اجرا می‌باشد.

                                     

                                                    نمایی از مولکول طراحی شده در فضای سه بعدی توسط برنامه جی‌مل

 

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد و متن‌باز است. مستقل بودن و قابلیت توسعه و به‌روز رسانی این نرم‌افزار مهم بوده و نیز امکان یکپارچه شدن با دیگر نرم‌افزارهای جاوا همچون بیوکلیپس و تاورنا را دارد.

یکی از ویژگی های محبوب این برنامه این است که می تواند با صفحات وب یکپارچه شود تا مولکول را به شیوه های مختلف نشان دهد. برای مثال مولکول ها می توانند به صورت مدل گلوگه و میله ، مدل فضا پرکن ، مدل نواری و غیره نشان داده شوند.

 

نرم افزار Jmol از بسیاری از فرمت های فایل مولکولی پشتیبانی می کند.

(Protein Data Bank (pdb

(Crystallographic Information File (cif

(MDL Molfile (mol

(Chemical Markup Language(CML

 

نرم افزار جی‌مول نیازمند نصب اولیه جاوا بر روی هر سیستم مکمل اجرایی می‌باشد. به طور مثال نرم افزار جی‌مول با مرورگرهای موزیلا فایرفاکس، اینترنت اکسپلورر، اپرا، گوگل کروم و سافاری سازگاری کامل دارد.

 

دانلود 

نسخه رسمی فعلی نسخه ۱۳.۰. است .

آن را می توان از SourceForge از از این این لینک دانلود کنید (. فایل zip ).

اگر به نسخه قدیمی‌تر علاقه‌مند هستید و یا یک نسخه از آن را ترجیح می‌دهید. نسخه tar.gz به صفحه دانلود Jmol مراجعه کنید.

 

 

روش نصب در لینوکس

به عنوان مثال اگر نسخه Jmol-13.2.8-full.tar.gz را دانلود نموده اید، به صورت زیر عمل کنید:

چون این نرم افزار با جاوا نوشته شده ، ابتدا jre را نصب کنید 

sudo apt-get install default-jre 

سپس فایل jmol دانلود شده را از حالت فشرده خارج نمایید

tar -xvzf Jmol-13.2.8-full.tar.gz

وارد پوشه شوید

cd jmol-13.2.8

برنامه را به حالت قابل اجرا تبدیل کنید

chmod +x

و آن را با دستور زیر اجرا کنید 

./jmol.sh

 

 

-----------------------------------------

منابع :

www.chemgroup.ir , sourceforge.net , askubuntu.com , wikipedia, jmol.sourceforge.net

شرکت دانش بنیان رایانش سریع هزاره ایرانیان به منظور طراحی، ساخت و گسترش کاربردهای رایانش سریع در علوم مختلف پایه گذاری شده است. این شرکت به دنبال ایجاد بستری با ظرفیت محاسباتی و ذخیره سازی بالا مبتنی بر CPU و GPU می باشد تا بتواند از آن طریق سرویسهای متعددی را به محققین، اساتید، دانشجویان تحصیلات تکمیلی و سایر علاقه مندان این حوزه ارائه نماید.

 

سایت مرتبط : " بنیاد توسعه رایانش سریع و ابری "

 

 

آخرین مقالات

کامپایل و نصب mfix-2016.1

درک عملکرد دستگاه های انرژی، محیط زیست و فرایندها...

دانلود Siemens Star CCM+...

نرم افزار Star CCM یک ابزار شبیه سازی قدرتمند است...

ورود بیگ دیتا به صنعت دار...

تکنولوژی در حال ورود به صنعت داروسازی است و پیش‌بی...

چهارمین جلسه meetup: اصلا...

مهاجمان اغلب با استفاده از اشتباهات کدنویسی کوچک و...

مدیریت خصوصیات صف در کلاس...

 لیست زیر ,ویژگی های صف را نمایش می دهد : acl_grou...

AMD از رویکرد طراحی تازه‌...

AMD چند روز پیش به‌صورت رسمی از رویکرد طراحی جدیدی...

دومین جلسه meet up:مقدمه...

فهرست : توضیح مختصر از توسعه ی کلودسیم نصب کلودسیم...

نرم افزار Multiwfn

Multiwfn نرم افزاری قدرتمند برای آنالیز تابع موج ا...

بزرگترین استارتاپ‌های چین...

هوش مصنوعی و صنایع رباتیک یکی از پرطرفدارترین حوزه...

نرم افزار ترسیم ساختار سط...

نرم افزار Molekel نرم افزاری برای ترسیم ساختار و س...

اتحاد Cloudflare با شرکت‌...

استارتاپ کلادفلیر با ایجاد اتحاد جدیدی با شرکت‌های...

A Guide to High Performan...

In the world of HPC, on-premises infrastructure i...

نرم افزار مدل سازی مولکول...

نرم افزار جی‌مول (Jmol) نرم‌افزاری متن‌باز و نوشته...

۱۰ نرم افزار پرکاربرد رشت...

مهندسی شیمی (به انگلیسی: Chemical engineering) شاخ...

راه اندازی و نصب کسندرا ب...

در این مقاله به راه اندازی و نصب کسندرا بر روی چن...

HPC Cloud Drives Innovati...

High performance computing is about solving the w...

معرفی DataStax پلتفرمی بر...

معرفی: شرکت دیتا استکس، یک فروشنده نرم افزار های...

معرفی و لینک دانلود نرم ا...

ChemDoodle برنامه ای مخصوص برای طراحی ساختار های ش...

هفت مورد از بهترین نرم اف...

3D modeling software are powerful tools that help...

فناوری بلاک‌ چین: راهی من...

کاربردهای بلاک‌چین محدود به بیت‌کوین نمی‌شود. انقل...

آموزش کد محاسباتی سیستا (...

در این آموزش به بررسی خواص ساختاری جامد سیلیکون پ...

کمپانی Nvidia معماری جدید...

Your browser does not support the video tag. کمپا...

آموزش سیستا-چگونه یک فایل...

شبه پتانسیل مورد نظر خود را برای کد سیستا با استف...

شبیه سازی مولکولی بر روی...

شبیه سازی مولکولی بر روی GPU1 تکنیک استفاده از واح...

چرا یادگیری زبان اسکالا و...

تقریبا اکثر قریب به اتفاق برنامه‌نویسان به این حقی...

شیمی محاسباتی، مکانیک مول...

شیمی محاسباتی شاخه‌ای از دانش شیمی است که از روش‌ه...

Watch "Jakub Kurzak...

یکی از کتابخانه های پرکاربرد در نرم افزارهای محاسب...

Video: Large Scale Traini...

In this video from PASC18, Jakub Tomczak from the...

راهنمای برنامه نویسی در M...

This publication is part of a developer guide focu...

روش های تشخیص زبان در متن

تشخیص زبان یک متن، یکی از اولین گام ها به سوی متن...

گالری تصاویر